在这种情况下，企业应当根据《企业所得税税收管理办法》中关于“收入增值税纳税汇总结算”的规定，按照收到款项额进行申报，不拘泥于发票开具时间。具体来说就是，甲方5月底才开票，企业在4月底就收到了款项，那么此时可以按照收到款项额申报增值税，而发票开具时间只是记账凭证的一种，可以有效的证明企业的税务行为，但不影响增值税的申报。为了加强税收管理，建议企业同时拥有发票和收据，一方面防止遗漏税款，一方面也能够有效的证明企业的税务行为。 此外，建议企业务必要了解政策规定，以免出现在税务申报中出现覆盖范围不当或遗漏抵扣和计算方式错误而导致产生不必要的税负。例如，要充分留意报税时候的完税凭证、报税时应税项目、征收税种、抵扣税种、抵扣额、计税基数、计税依据等明细。