是的，个人代开工程施工的发票给单位，已经在柜台交了个人所得税，这两项个税应该合并申报。根据《个人所得税法》的规定，个人的所得应当包括工资薪金所得、服务报酬所得以及稿酬、特许权使用费所得和其他经济活动所得等，只要是属于所得范围内，都应属于计算个人所得税。若个人在核定工资薪金等所得和代开发票给单位的服务报酬所得其中，有重叠的部分，那么就应当将这两项个税合并申报。因此，如果发现有重叠的情况，就要将这两项个税合并计算。 拓展知识：个人所得税有三大种申报方式，分别是综合申报、月报申报和季报申报。综合申报方式，是各种所得收入在年度内以自然月或自然季度为单位，综合计算后一次性申报；月报申报方式，纳税人每月申报；季报申报方式，分为两个：按季度报告申报，是按照一季度的收入次数申报；另一种是按季度应纳税额申报，是按照一季度应纳税额来申报。