对于己支付已抵进项的物流费退回，和货款一起回款给公司，需要做以下几项处理： 首先，需要将己支付已抵进项的物流费发票转出，并将9%改为13%，可在月末结转利润时，将此转出台帐和相应的应付台帐一起结转； 其次，对于发出的13%的应收发票，可以直接冲减，此时，发票上的税额也会得到调整，可以在月末结转利润时，将此应收台帐和相应的应付台帐一起结转； 最后，应注意冲减应收发票时，要顾及客户权益，在冲减应收发票的税额时，要将客户所缴纳的税款准确减去，避免客户因发票税额不准而受到利损。 另外，物流费退还部分，可以在月末结转时，进行台帐相应的调整，以及做出相应的记录。可以考虑将物流费台帐单独列出，把同一供应商的物流费全部累计起来，然后考虑在月末结转的时候，进行全额结转或部分结转的调整。