是的，自然人个人申报扣缴端本期收入应该将单位承担的社保部分金额加在申报金额里面。因为社保费用是企业（或单位）承担，并将由企业（或单位）为员工代扣代缴，在个税计算中，要将单位承担的社保部分金额加在申报金额里，要扣除的个人所得税也会随着社保的加入而增加，这样会避免企业为员工代扣的社保部分不被抵扣的情况出现。同时，这也可以避免造成个人所得税的不透明，从而可以减少未来查账时可能出现的重复缴税问题。 拓展知识：增值税和所得税是中国政府实施的主要税种，分别对应企业税费和个人所得税。不同税种有着不同的税负，比如增值税是按照服务或者商品销售的实际价格支付的，而个人所得税是按照个人的收入和支出计算的。