水利基金计入财政收入账簿的是“水利基金收入”科目，根据《中华人民共和国财政收入管理条例》规定列收入账簿时，县级以上财政应该录入“水利基金收入”科目。水利基金收入又叫水利收入，一般由国家预算给财政单位拨款，财政收入来源多样，可以是水上交通费、水资源租赁费、水利建设投资收入等。 拓展知识： 水利基金的管理部门主要是指水利部，水利部总体负责全国水利基金的管理，实施统一的政策，监督统一的执行，确保“水利基金”的安全、有效利用。目前，水利部已经对各地“水利基金”进行了统一管理，并制定了详细的管理制度，加强公开、透明和依法管理，以保障水利基金的充分、安全的发挥作用。