在公司租入土地自建厂房时，是否要办理房产证和入固定资产科目取决于您的情况。根据中华人民共和国房地产管理法，购买或租赁的建筑物及构筑物，如果想要取得所有权，就需要办理房产证。而如果您仅仅是租赁该土地或厂房，那么就无需办理房产证，但是如果想要办理房产证，则可以向当地的房地产管理部门申请办理。另外，如果您自建厂房，那么可以将入固定资产科目。由于固定资产科目只能把建造成本计入，所以入固定资产科目就可以实现这一目的。为了保证正确办理固定资产科目，您应当向当地财政部门准确认知相关的流程，以及提交的必要申报资料，符合国家相关法律法规，从而保障所有资产的安全。 拓展知识：在处理房产和固定资产时，为了保障安全，您还应该考虑准备相关书面文件，例如房屋买卖合同，租赁合同，厂房建设申请书等，以便在办理相关证件和登记时使用。