在总公司把业务指派给分公司的情况下，若总公司开票收款，分公司需要在给总公司结算款项时遵循三方协议的规定。一般来说，分公司会根据协议指定风险担保支付方式，如定期支付，贴现和库存融资等，以确保总公司收到款项。另外，总公司和分公司间的结算还因产品类别和总公司的内部财务管理等而有不同。分公司有自己独立的核算系统，需要对收入、支出、流动资金等都进行核算，以确保业务的顺利进行，也充分发挥总公司和分公司间的协作效果。拓展知识：此外，总公司和分公司还可以建立自动报账系统，以减少账务报表输入工作量，加快结算速度，减少出错率，提高结算质量。