货运代理公司付代理费一般采用应收账款科目来记账，应收账款科目是记录公司有义务收取货物或服务费用而未收到或已收到部分费用的债权。 在记账时，负债科目选择应付账款，贷方发生额等于送货代理公司的应收账款发生额，以此记账即可，如果货代代理公司收取的费用不只是货物或服务费用，而包括支出给卖方的附加费用，应按照类型分门别类进行记账。 例如，货代代理公司收取了25000元的费用，其中包括2万元的运杂费，3000元的增值税和2000元的其它费用，再根据费用类别记账： 应收账款：贷方2万元，借方2万元 运杂费：贷方2万元，借方2万元 增值税：贷方3000元，借方3000元 其他费用：贷方2000元，借方2000元 此外，付款时还要注意把相应的税种分解出来，纳入指定的科目，并进行正确的分类。