是的，自然人纳税系统可以算两个月工资和社保。首先，您需要登录自然人纳税系统，然后根据公司的清算结论来完成纳税申报，在系统中，您可以计算您的工资和社保金额。在输入您的工资和社保信息之后，系统会根据当地的税法要求，自动计算出您应该缴纳的个人所得税、社会保险费等金额。此外，纳税申报系统还可以帮您计算出处罚性款项（如果有的话），以及申报收入抵免税额。拓展知识：纳税申报不仅仅包括个人所得税，还包括财产税、社会保障费等其他税种。纳税申报的准确性和及时性是不可忽视的，因此，建议您在申报前确认所有必要的信息准确无误，并及时完成纳税申报以保证您的合规状态。