公司替员工支付提升学历的费用应该通过筹款账户进行入账处理。首先，应将所有费用进行总体汇总，按照统一的账户进行入账，例如支出明细、收款账户等，并记录此笔费用的明细，如学费、交通费、住宿费用等，以便日后进行核对和对账。同时，汇总费用记录应当按照原始凭证的内容存放，防止凭证之间的缺失和报错。此外，财务支付入账也应考虑员工实际发生的费用，例如收取学费是否存在欠条或者延期付款，是否有折扣优惠等。 拓展知识：根据国家有关财务规定，公司替员工支付学费，若超过5000元的，应当将员工的报销金额、报销日期、本人身份证号等信息提供给财务，并由财务按照现行规定进行税和报销的支出处理，以确保双方的税收缴纳和报销到位。