1.员工申请完专项附加扣除后，首先要准确核定专项附加扣除的金额，以便记账准确无误。 2.按照财务记账的规定，增值税专项附加扣除在贷方记账，即专项附加扣除金额在贷方增加。一般涉及增值税专项附加扣除的贷方科目有：应交增值税特殊附加扣除项目，企业所得税减免项目，住房公积金的企业缴存，等等。 3.在贷方作减法记账：减少应交税费、减少企业所得税或者减少个人所得税。这笔记账记录应体现在企业会计凭证上，同时缴纳完增值税后，企业财务部也可以在税务机关接受审核后，就可以填写相应的发票上“专项附加扣除”，并在发票上注明金额。 拓展： 企业所得税减免项目是指企业在实施增值税专项附加扣除后，允许企业在当期纳税时从个体户的税款中减免部分的税款。减免的范围视实际投资项目而定，包括但不限于科研项目、重大设备投资项目、就业投资项目、教育科技和文化事业投资项目等。