对于小规模纳税人当月申报期内发现多缴纳了增值税，已经扣款的情况，更正申报主表填写方法如下： 1. 在更正申报主表的增值税申报表的第一行“本期实际销售额”栏填写“0”，并在最后一行“备注”栏填写“小规模纳税人本期发生的销售总额已缴纳税款”。 2. 按月报表项目填写注明本期实际发生的应税销售额以及进项税额时，计入税额注明“必须小于等于0”。 3. 将小规模纳税人本期多缴纳的增值税收款缴至“已缴纳税款”栏中，并在本期报税时将此部分税款从“本期应缴税款”栏中减去。 拓展知识： 小规模纳税人当月申报期内，若发现数据有误，应及时进行调整，以免税收影响，并避免相关处罚。小规模纳税人申报时,应完善准确,填写明确，不要出现填写错误，以免造成延误和给税务机关带来麻烦。