在计算土地增值税清算的时候，项目中的无产权的车库和网点不能按照账上归集的扣除，因为此项费用不可能再抵扣土地增值税。因此，在清算过程中，需要把这部分无产权对应的成本从总费用中剔除。在清算过程中，除了要把无产权对应的成本剔除之外，还要注意原购地实际交付的费用。另外，还要根据实际情况，确定地役权应缴纳赔偿款的数额，以及确定可以在税收扣除的项目，比如搬迁费用、改造费用、安装设备费用等。这些扣除的项目都要在财务报表中得到体现。