如果汇算清缴超过时间，则应当尽快提交汇算清缴申报，并附上有关证明，否则可能会受到申报失败罚款处罚。如果员工在原先公司没有填过专项附加扣除，今年入职我们公司后，可以根据去年考勤，发放的薪酬等资料，应用扣除专项申报表以此进行扣缴税款，并填写专项附加扣除申报表，根据当年实际发生的专项附加扣除项目，进行申报，如果开出的发票，证明等材料完整，可以通过抵扣实际发生的企业所得税税额，申请退税。 拓展知识： 专项附加扣除是指个人所得税法规定的社会保险费、住房贷款利息、住房租金等支出，可以从个人所得税应纳税所得额中抵扣的减免额，可以帮助个人减轻缴纳个人所得税。在申请退税时，如果未能提供需要证明的材料，可能会使申请失败，从而产生申报失败罚款。所以，申请退税一定要提供可以证明资格的有效文件。