长期股权投资非同一控制企业合并差额不是冲减资本公积。资本公积乃著录到股本部分的净资产，其用途在于补偿股本所受之损失、改善公司的资本结构、资本的再投资以及报酬股东的投资利益，而股权投资合并差额则因为被投资公司的股权被转让而得到的费用，可能会用于补充资本公积，但股权投资合并差额不可以作为冲减资本公积的来源。拓展知识：长期股权投资其实包含了大量的费用，包括咨询费用、律师费、手续费以及注册费等，这些费用都会影响到股权投资合并差额的大小和最终影响资本公积的金额。