小规模纳税人去年十月开始营业，连续两个季度亏损，可能会被税务机关查账。根据《税收征收管理法》，当纳税人的经营收入和盈利状况发生重大变化时，税务机关有权采取检查和查账的措施。一般来讲，“重大变化”是指连续三个月经营收入和盈利的减少程度达到20%以上或者负增长，则可以认定为“重大变化”。 因此，该小规模纳税人连续两个季度的经营亏损属于“重大变化”范围之内，税务机关有权进行检查和查账，以确定其销售额、实际收入和减免税等情况，并弥补税款收入。 另外，在此情况下，小规模纳税人应注意记录经营收入和盈利情况，针对发生变化的情况，及时向税务机关报告，减少潜在的税务风险。此外，应注意把握成本支出，优化经营结构，实行合理投资，积极增收，努力改善经营收入及盈利情况。