尊敬的老师，您好！ 当作为小规模纳税人季度申报增值税时显示减免税本期发生额比对不通过，可能是发生了以下几种情况： 1、申报时未按照季度减免税规定填写：小规模纳税人申报增值税有减免税规定，减免税额度在上一季度的3倍以内，如果超过3倍，则该季度的减免税无效； 2、申报减免税的货物或者劳务比对不一致：小规模纳税人减免税的货物或劳务，在申报增值税的时候，期末的剩余货物或者劳务，应该与减免税货物或者劳务完全一致； 3、未按照规定上传减免税收据：小规模纳税人减免税时，应该按照规定上传减免税收据，以供监管部门查验； 4、未注明前期发生的减免税：小规模纳税人申报增值税时，应该注明本季度的减免税发生额与上一季度的减免税发生额的对比。 以上就是小规模纳税人申报增值税时显示减免税本期发生额比对不通过的原因以及应对措施。同时，在进行季度申报增值税时，应多做相关记录，以保证审核的准确性，并且可以根据自身企业特点进行税收优惠措施，使自身企业可以减少税收负担，提高企业的经济效益。