对于第二次申请出口退税，进项发票已认证但依然未稽核的问题，建议先要了解本企业的税务稽核实际情况，比如稽核的时间、稽核的范围、稽核的内容等，确定是否符合稽核的条件和流程，如果不符合，应及时向税务机关说明情况，尽快和税务机关沟通协调，及时准确提交有效的文件，确保税务稽核及时完成。此外，还要督促自身纳税服务机构认真负责，确保准确无误提交退税申请材料，在税务稽核中及时变更补全缺失的材料文件，避免不必要的税务稽核时间延误。拓展知识：企业在税务稽核进行的过程中，要确保提交的申请材料及时、**齐全**、准确，以避免税务稽核时间成本损失。