收到的运输费专用发票中有一家可以开出3%税率的原因是有关部门对相关行业特殊税率减免政策。例如，根据税收法规，运输行业可以享受税收减免政策，比如货物运输类企业，服务类企业及国际运输的企业，在一定的条件下可以享受减税和税率减免政策，可以将税率从9%降低至3%。另外，每个地区的税收政策会有所不同，需要查看当地政策，以获取更多信息。此外，大多数国家还将税额划分为不同的领域，比如服务业，用广泛的非税收减免政策，减轻企业的税收负担。