免税公司申报增值税的操作步骤主要有： 一、 准备工作：1、检查公司营业执照、免税证书、纳税人识别号，收集营业收入、营业成本等信息；2、查询最新的税制变更情况，了解最新的纳税法规； 二、 登记增值税：1、到税务机关按照规定办理税务登记手续，拿到增值税登记证书；2、填写增值税一般纳税人申报表，准备开具税务发票； 三、 开票及申报：1、按照收入、成本等情况，核实营业税总额，开具增值税专用发票；2、登记发票，并按照税务部门的规定申报增值税； 四、 缴纳税款：根据具体情况，按期向税务部门申报和支付增值税； 拓展知识：根据增值税法规，纳税人除了要完成上述步骤外，还需要每月进行核定申报，按期申报和缴纳税款，以保证增值税计税与实际缴纳情况的一致性。