如果您在增值税专用发票抵扣勾选时发现两张票在您的系统中查不到，可能有以下原因： 1.发票号码错误：发票号码错误的最主要的原因是在发票出票时系统记录发票信息中填写错误，导致两张发票号码不是真实发票号码，所以在查验发票时会出现查询不到这两张发票的情况出现。 2.发票信息更改：发票信息更改也是可能出现两张票查不到的情况，原因是发票更改时，系统会把原来的发票置为无效，更改后的发票号码会替换原来的发票号码，导致查询出现两张发票号码无法体现正确的信息。 在收到发票的时候，您应当仔细核查发票的上面的信息，以防发生以上两种情况，确保您的发票具有真实性和准确性，从而保证您的税收抵扣的准确性。