高新技术企业认定补贴的入账方式一般有两种，一种是企业直接存入企业账户；另一种是政府根据企业办理的申请，通过财政部网络拨款入账到企业账户中。 市场上有一些政府补贴金额，是不可以抵扣企业税费的，需在企业收入中去抵扣，税费的支付，仍然需要企业根据销售收入，缴纳相关的增值税，所得税等税费。如果企业收入比较大，有抵扣税费的可能，那么企业就需要根据实际情况，缴纳相应的税费了。 在企业选择高新技术企业认定补贴之前，最好咨询相关专业人员，以求合理把握补贴政策，以免出现不必要的税费负担。 拓展知识：政府补贴有助于财政收入，它是政府投入特定行业或政策实施，直接或间接的支付给企业或个人的经济补贴。政府补贴的好处，一方面可以刺激企业发展，促进经济增长；另一方面，还可以推动政府政策实施，改善民生福祉。