社保基数低、工资金额高的公司要正确申报个税并发放工资，需要根据《个人所得税法》来安排。首先，要把员工按照实际工资金额开出发放清单；其次，根据《个人所得税法》的规定，通过使用个人所得税计算器计算应纳税所得额，按照应纳税所得额为基础按照月度累计计算应缴纳的个人所得税；最后，要对离职员工结算《个人所得税月报表》，把实发工资扣除应缴税额后发放给员工。 拓展知识：按照《个人所得税法》，个人纳税人应缴纳的个人所得税税率分为三档：3%~10%、10%~20%和20%~45%，累计应纳税额的额度也不同，比如，按照3%至10%的税率，应系税额不超过1500元；按照10%至20%的税率，应纳税额不超过4500元；按照20%至45%的税率，应纳税额不超过14500元。