当购货方拿到来自小规模企业的3%专票时，是否允许按照9%抵扣，这取决于购货方本身是否是小规模企业。如果购货方是小规模企业，根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，小规模企业在购买有效的增值税专用发票时，可以申请从增值税中抵扣税款，即按7%、9%或11%的比例抵扣，具体的抵扣比例取决于当地发布的政策。但是，如果购货方本身不是小规模企业，那么就不能抵扣9%的税款，只能按原来的3%来抵扣。 此外，为了更好地管理增值税专用发票，国家还制定了一系列有关政策，要求企业必须建立一个完善且有效的增值税发票管理制度，以确保发票的真实性和有效性。同时，根据《企业所得税法》，购货方开具的增值税专用发票，在证明购买产品或服务费用的合法性、确定所需税款抵扣税额时，均视为有效凭证。