一般在处理这种情况时，将拆分凭证金额，即把凭证金额减少0.01元，并开具一份金额为0.01元的凭证，将其作为补差价凭证。这是因为凭证金额的准确性更重要，不能容忍任何相差，所以补差价凭证的开具是必要的。 此外，当凭证金额相差0.01元的情况不断发生时，可以考虑回溯排查系统中的问题，检查所有与凭证金额有关的条款、计算公式等，以确保凭证金额的准确性。另外，要注意保存系统中凭证金额与实际开具发票金额的记录，以便及时发现并处理出现的差错。