在处理员工被赔偿的工资的账目时，应该先根据法院判决的程序和员工的薪酬情况进行账目调整： 1、在总账中确认支付工资金额，在工资账户上增加相应金额。 2、在法院认定员工双倍工资时，需要将其编入借贷双方的应收账款中，以注明员工未受到的双倍工资及特殊劳动费用。 3、在下一次对账时，应大量核对该员工的双倍工资和相关费用，并将应付款项销账，调整工资账户余额。 拓展知识：企业应认真履行劳动法规定的职工薪酬福利待遇，及时给予职工发放薪资，防止发生劳资冲突，减少企业纠纷的发生。同时，应建立制度，做好劳动费用的登记、核对、报销等管理，有效化解劳动纠纷，便于企业财务账务管理。