一般来说，不能将6月份开的进项专用发票抵扣5月份的销项发票，因为根据《中华人民共和国发票管理条例》规定，增值税专用发票中的“货物或者应税劳务、服务名称”、“数量”、“单价”、“金额”要与订单或者协议一致，若抵扣月份不一致抵扣便不符合规定。但是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第四十条规定，购买增值税专用发票所发生的销售，当月可以予以抵扣，若当月销售额未达到发票金额，可以在下个月继续抵扣。因此，只要符合上述规定，6月份开的进项专用发票可以抵扣5月份的销项发票，只是由于抵扣月份不一致，会存在一定的经济风险。 此外，还有一种特殊情况，即在同一月份，可以将6月份开的进项专用发票抵扣5月份的销项发票。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第六十五条的规定，当月可以抵扣的销售额不得超过本月实际发生的购买额，因此从规定上来说，可以将6月份开的进项专用发票抵扣5月份的销项发票。但是建议不要做，以免引起税务机关的质疑，可能会被纳入税收违法行为。