处理只有购进的票据没有付款发票而款项已经付清的账务处理方式是： 1、根据现金流量表（CFL）中的应收发票和收款等相关记录，确认发票开具日期、金额、发票类型，以及收款日期、金额，确认收款日期与发票日期一致，金额也一致。 2、财务人员拟出账单，将对方付款的票据，和已收到的款项登记到账上，收款日期、金额、对方本次收款的金额全部登记明细。 3、等待对方发出发票，等发票收到后，核对日期、金额，再把发票一起登记到账单上，将应收发票登记到对方的收款账户中，以免忘记发票。 4、最后财务人员审核确认，核实账务处理后的数据是否正确，做出账务处理的最终结论。 这样可以避免因为没有付款发票，而导致款项没有及时登记到账上，产生账务漏洞。 拓展知识： 此外，做账的时候，需要根据发票的种类来处理，如果是增值税专用发票，则需要核实税号是否是对应纳税人，以及是否按税法规定开具发票，如果是普通发票，则只需要核实发票种类，金额和内容是否符合实际，以及发票状态是否为正常。