根据您所提出的情况，在总公司中标获得项目，尽管投标由总公司完成，但付款收款却由分公司完成，这种情况在采购总部或采购分部都有可能发生。 在此情况下，您需要准备的文件有：1）投标文件；2）合同；3）三方协议；4）发票；5）支付凭证等，文件号可以根据上述准备的文件新建，或者是在税务部门申报开票时新建。另外，您可以给总公司一份发票证明，告知总公司发票由分公司开出，以证实分公司的发票真实性。