通行费电子普票上的车牌号码是员工自己的，不是公司的，可以抵扣，但是受到所在公司的政策制定情况影响，抵扣程度和范围不同。一般而言，通行费电子普票可以抵扣税费，但是办理过程中需要提供车辆购置税证明，有效火车票或航空票报销单，以及有效的发票等。同时，不同公司的政策也不尽相同，具体情况还需要咨询您所在公司的专业财务部门或会计师，以确定报销种类及报销范围。 此外，国家现行税收政策中存在不少细节，需要企业充分了解，以便更好地把握抵扣机会，以降低税负。企业还应定期检查财务会计账户，确保和税务机关的账目记录一致，以避免任何税务问题。