正确的做账方式是：在发票对方收到货款时，应先将货款登记到预付账款科目中，待收到发票后，再登记到入库存商品科目中。报销单一起报的情况下，应先将货款登记到预付账款科目中，待收到发票并经过报销单审核后，再登记到入库存商品科目中，从而实现由预付账款到入库存商品的账务流转。如果情况为货款直接入库存商品而未登记到预付账款，那么金蝶财务软件就无法跟踪到此笔发票，从而影响正确性报表及应税清单的准确性。因此，正确的做账方式是首先登记到预付账款后再进行入库存商品，以让金蝶财务软件能够跟踪到此笔发票，保证发票的正确性。此外，财务管理者也应当定期检查预付账款余额，以及预付账款与应付账款费用是否吻合，保持财务账务的准确性。