一般来说，因自然灾害损失的货物，可以申请进项税抵扣。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第七十九条规定，因不可抗力而损失的货物，纳税人可以抵扣税款。另外，如果税务机关未在规定的期限内发票，也可以申请抵扣。因此，纳税人可以向税务机关申请抵扣货物损失的进项税，但需要准备一定的证据材料，如果能够提供详细的损失细节，尤其是财政部或税务机关签发的自然灾害证明文件，也可以提高抵扣税款的成功率。 拓展知识：此外，根据新修订的《中华人民共和国税收征收管理法实施条例（修订）》，当纳税人因不可抗力导致货物损失而无法提供购货发票的，可以向税务机关申请抵扣税款，但要提供经财政部门或税务机关签发的自然灾害证明文件及购货凭证等材料。