甲公司2020年度城镇土地使用税应纳税额的计算方式如下：首先，根据原来实际占用的上地面积30000平方米，分别算出厂区以内的绿化地3000平方米、厂区以外的公共绿化用地4000平方米和托几所占地500平方米的城镇土地使用税，每平方米3元，共计3000×3+4000×3+500×3=24000元；然后，根据2020年4月新征用非耕地10000平方米，算出城镇土地使用税，每平方米3元，共计10000×3=30000元；再然后，根据2020年8月出售的1个占地面积为2000平方米的仓库，算出城镇土地使用税，每平方米6元，共计2000×6=12000元；最终，甲公司2020年度城镇土地使用税应纳税额为24000+30000+12000=66000元。拓展知识：根据《城镇土地使用税暂行条例》，征收城镇土地使用税是为健全地方财政结构，调节土地市场需求，促进有序的土地开发投资，分配发展资源，引导土地利用合理分配，建立科学的土地利用制度，保护水土资源，缓解生态环境紧张的需要。