处理已经审核通过的凭证错误的实质是进行逆向审计。首先，应立即停止对错误凭证的入账处理，并仔细查阅财务记录，如果有发现有问题，及时进行处理；然后，应立即通知会计科目管理部门，及时纠正会计科目；最后，应当尽量做到帐目的完整性，如果发现已经审核的凭证及入账的结果是正确的，应当作为检查依据放在文件当中，以作为今后的参考。 此外，可以通过分析审计数据，运用统计学方法，建立流程监控系统，通过研究历史帐目和发票信息，及时发现凭证审核中的问题，进行预防性审计，以最大限度减少审计过程中出现错误的可能性。