当使用公司的两个银行账户进行转账时，建议在转账时写明转账原因，并注明“公司互转”，以便日后以此为证据证明公司的财务运作是合理的。这对于公司的财务状况外部交易的审计、分析报告，以及公司日常流程的跟踪等都极为重要。另外，定期检查公司账户是否有其它异常流动，也可以及时发现公司财务风险和损失。 此外，为了更好地检查公司的资金情况，除了转账注明的原因以外，公司还可以考虑提高财务管理的灵活性，使用审计程序查看财务记录，以便预测财务变化并及时做出相应的调整。同时，公司也应考虑查看财务报表，定期检查两个帐户之间的资金流动情况，以便及时发现资金流失可能。