企业支付宝发放另一部分工资是可以的，可以按照您说的那样分开做工资表。企业支付宝的税务问题，建议您可以咨询税务机关，以免造成不必要的麻烦。一部分走基本户一部分企业支付宝，如果遵循合规程序，是没有风险的。企业支付宝发工资备注，建议您可以写代发工资或者可以直接写工资，具体可以咨询当地财政税务部门。需要注意的是，若有支付宝发工资的情况，需要收集有效的支付宝支付凭证，以免被处罚违法行为。另外，每月发放的工资额应该要记录在工资表中，方便纳税。此外，企业支付宝还可以用来支付项目款，以及员工的补贴等费用，可以大大提升财务工作效率。