企业购买厂房自用的印花税税率并不是万分之五。根据《中华人民共和国印花税法》和《中国民政部关于印花税范围和税率的规定》，企业购买厂房自用的印花税税率可以由各地政府实行管理，大部分地区的税率范围在0.05%-0.2%，但也有少数地区的税率较高，比如广州的印花税税率为1.2%。 此外，购买厂房自用的印花税税率与购买税务登记系统注册号关系密切，由于不同企业行业类别和业务类型不同，一般企业注册号减免限额也不同，只有根据税务登记系统注册号及其他相关因素查询减免比例，才可以得出最终的印花税税率。例如，只有查询税务登记系统注册号减免额才可以确定企业购买厂房自用的印花税税率。