货款1000元的情形，您需要将扣费情况明确记录下来，在进行结转帐务时要清楚说明。当您付供应商999元时，银行直接扣1元作为手续费，此时您需记录应付款999元，实际付款998元，银行扣除手续费1元，以便在结转帐务时正确进行账目结算。 此外，如果您的公司时常会出现这种扣费情况，可以考虑用互联网支付手段来支付，这样可以避免银行对支付者收取大量费用而影响公司经营成本。例如，可以使用转账支付、支付宝转账等，它们在服务费用方面比银行支付更优惠。