是的，一般情况下，收到物流公司开具的货运代理费增值税专用发票可以抵扣，货运代理费增值税专用发票是由州税务机关颁发的，可以用于抵扣增值税。为了充分利用货运代理费增值税专用发票，商贸公司还要注意以下几点： 1. 对销售商贸品，原则上已取得货运代理费增值税专用发票的，应及时留存增值税专用发票，以便核实货物的运输时间及金额。 2. 增值税专用发票的运费数额，应与货物的装运单的运费符合，且两者必须同时计入本期税负。 3. 货运代理费增值税专用发票必须与货物的装运单和提货单一同留存，以备核实。 4. 货运代理费增值税专用发票必须在有效期内使用，过期作废。 以上只是简单介绍收到物流公司开具的货运代理费增值税专用发票能否抵扣，实际情况还需要根据当地税务机关的规定来办理具体手续。除此之外，另外从税收角度规避税务风险也是商贸公司需要关注的。商贸公司应该定期审查其税务状况，努力补充和修改税收法规，以正确申报税费，保持合规，并及时遵守最新税收政策。