员工个税汇算操作流程大致分为5步： 第一步，税务部门下发通知，告知所有税收单位汇算个人所得税； 第二步，税收单位收集员工个人基本信息，填写税务系统“汇算清缴”申报表，填写缴税状态； 第三步，税收单位根据员工各项税前收入和税后支出，使用专用的增值税计算机软件计算员工应纳税额； 第四步，税收单位以电子税务局为宣传渠道核算员工应纳税总额，完成结果； 第五步，税收单位向税务机关汇缴所有员工应纳税款，并下发汇算清缴凭证。 拓展知识： 个人所得税汇算操作也可以使用税收服务大厅汇算清缴服务、税务网上服务平台等电子渠道来完成，大大提高了办理效率，节约了时间和成本。如果有纳税义务人被确定为失踪人员，税收机关应当利用尽可能的途径了解他/她的家庭情况等，从而确定纳税义务人的个人所得税汇算清缴情况。