海关进口增值税抵扣操作步骤如下： 1.确定可抵扣税款类别：进口增值税中可抵扣的税种有进口关税、进口消费税和进口增值税，所以在抵扣时，需要先确定抵扣的税款类别； 2.填写抵扣申请表：向税务机关备案填写抵扣申请表，填写相关信息，包括抵扣税款类型、发票种类、抵扣金额等； 3.缴纳进口增值税：根据抵扣申请表中的信息，通过纸质或电子方式向税务机关报送进口增值税缴款书； 4.审核缴款书和税票：税务机关对报送的进口增值税缴款书和税票进行审核，完成税款抵扣功能； 5.开具抵扣凭证：审核通过后，税务机关会将抵扣结果开具税务抵扣凭证，以备报销使用。 此外，进口增值税抵扣还可以抵扣企业营改增相关税费，企业在申报增值税时，可以提交营改增减征税款，经过税务机关审核，申报增值税时可直接抵扣相关税款。