员工入股公司分红的折旧计算方法一般按照平均账龄法（Average Life Method）来进行计算，这个计算方法的优点在于简单，能够准确把握公司有效投资的折旧状况，必要时可以事先进行摊销。在撤资时，利益比例应当公平合理，在无具体约定的情况下，应当根据分红比例及折旧等因素来调整，以保证公司及员工的利益有效平衡。另外，如果需要重新划分利益比例，可以签订入股股份分红撤资协议，协议中要详细规定分红比例、折旧计算方法、退款金额及时间等事项，要确保双方权益得到有效公平的维护，以确保约定的分红撤资协议的有效实施。