在收到的专用发票不抵扣勾选认证的情况下，最好的做法是等到抵扣勾选认证后再进行入账操作。这是因为，如果直接入账，可能会导致会计账务处理出现错误，在会计核算时会发现问题。因此建议先等待抵扣勾选认证后再进行入账操作，以确保财务账单的正确性。 从财务处理的角度看，发票必须在抵扣勾选认证后才能够进行有效登记。抵扣勾选认证是指对发票资料进行认证，确保财务处理流程的准确与准确性。认证过程包括发票种类、发票号码、发票代码、发票金额等多个环节。通过这一程序，可以有效地确保发票资料的真实性、准确性和合法性。只有经过抵扣勾选认证的发票才能允许进行有效的记账及入账处理，从而避免因错误入账而带来的财务损失。