对于这笔公司发票开出100万元，到账后老板转出40万元往来款的账务处理流程如下： 1.首先要在应收账款科目上增加100万元的余额，在银行存款科目上增加100万元的余额； 2.当发票100万元收入到账后，银行存款科目应减少100万元的余额，应收账款科目应减少100万元的余额； 3.当老板转出40万元的往来款时，应增加往来款科目上的40万元余额，银行存款科目应减少40万元余额。 拓展知识：往来款又叫做货款，是指买卖双方之间因货物购销或服务提供而产生的经济利益往来，是在货物购销、服务收付中发生财务流动的基本账户，是公司经营活动中最常见的账户，经常用于向客户收取货款，也用于向供应商支付货款。