处理企业所得税汇算清缴应退的一千多钱，你应当考虑企业的经营情况，根据企业的现金流和经营情况，决定采取退税还是抵欠，从而取得更好的效果。 如果企业现金充裕，可以考虑将上述退税额申请退税，这样企业可以无损取得所退税款，也可以避免进一步增加企业的负债现有。另一方面，如果企业现金流不足，应该考虑将上述退税额当作企业未来税款的抵欠。这样一来，企业可以暂时性的解决现金流的困难，同时可以延缓未来的税款缴纳，从而相对较为合理的处理企业汇算清缴应退税款。 另外，从长远的角度出发，企业还应在平时自身建立税收风险预警机制，定期进行内部控制自查，做好税务管理，以确保合规经营，规范企业税收缴纳行为，避免对企业带来不必要的损失。