根据国家和地方对跨地区工程的税收管理规定，跨地区工程的预缴税款，一般按合同总额的一定比例预缴。比如，根据税务总局《关于跨地区工程实施科学管理的通知》第四十六条的规定，建设单位须按照合同总额的一定比例预缴增值税。如果已结算合同的一半款，也应按照总合同额的一部分预缴税款，而不能只根据实际结算金额预缴税款，因为预缴税款应基于合同总额进行缴纳。 税务机关还可以在跨地区工程实施过程中，根据实际情况，实行缴税期限延长、税率减免等政策，以鼓励和支持跨地区工程的建设，促进经济社会的发展。 拓展知识：跨地区工程的税收管理，还包括增值税、城建税和国土税等，具体税率和税额的计算，需要根据跨地区工程的特性和施工的情况，充分考虑实际情况。