您需要帮助员工申报个人所得税，应该按10000申报。因为在小额收入所得税征收中，财政部门按10000计算个人所得税，实际支出给员工9000元，税后收入仅为9000元，但是在申报个人所得税时，按实发9000元来申报，不符合实际情况。因此，应该按10000申报。 此外，个人所得税也可以通过免征政策来缓解纳税负担，如果符合国家规定条件，比如说依赖申报者本人及其配偶和未成年子女家庭成员可以按月免征1500元，济南市设立的低收入家庭，可以免征3000元个人所得税，企业有特殊情况的，也可以适用这些政策。