是允许抵扣增值税的。根据《中华人民共和国税收法》第十六条的规定，取得准予抵扣的增值税专用发票的纳税人，可以在申报纳税的月份或者季度，按照税收征收管理机关规定的程序，申请从应纳税额中减掉等额的增值税额。因此，实际上由分公司来提供业务服务，开具增值税专用发票的，发包方取得分公司的增值税专用发票，可以抵扣增值税。 在这种情况下，分公司应当按照税务机关的规定认真履行合同，并及时向税务机关申报缴纳税款。此外，鉴于实际上由分公司开具增值税专用发票，开具的发票的真实完整与否，应当关注分公司的税务备案等。