不抵扣勾选的发票抵扣联需要根据实际情况办理，如发票有效截至日期未到期，可向税务部门申请补开；如发票有效截至日期已过期，可依据税务法有关规定，在税收征收事项上申请退税；如发票是逾期未开具的，可通过申请进行补开；如发票是重复开具的，可首先发送发票至税务部门纳税服务厅进行作废。此外，增值税系统在跨地区发票核销、以及纳税人登记地发票自行开具抵扣情况下，也可以申请发票抵扣联，申请方法是另外一个比较复杂的过程，应当着重按要求准确完整地填写所需资料。拓展知识：发票抵扣联的做法，是税务机关在有关税收征收事项中，识别发票抵扣信息，在发票上加盖“发票抵扣联”，以此达到发票抵扣效果。