机动车发票的增值税专票是开红字发票作废的。这是因为，根据《增值税税收征收管理办法》第一百四十一条的规定，增值税专用发票仅能开具一次，不能进行重复开具。鉴于此，当机动车发票出现增值税专票开具不当等情形时，必须采取“开红字发票作废”的方式来处理。 拓展知识：开红字发票作废是一种税务补缴方式，是指当原发票未贴到税控设备上作废，而又需要补缴税款时，可以采取的方式，持原票开具另一张红字发票进行税款补缴，并在原发票上改写“红字作废”字样，并签字确认。